A Constituição Federal de 1988 racionaliza o serviço, alterando a estrutura do Poder Judiciário da União com a criação de cinco Tribunais Regionais Federais e do Superior Tribunal de Justiça.
O Ato Institucional nº 2, de 27 de outubro, altera a redação do artigo 105 da Constituição de 1946 e recria a Justiça Federal em primeira e segunda instância, como previsto nas primeiras Constituições da República.
A Constituição de 1946 corrigiu, em parte, a distorção criada pelo Estado Novo, criando o Tribunal Federal de Recursos, que seria a Justiça Federal de segunda instância.