Paranaguá, Município do litoral paranaense, distante 90 km da Capital, recebeu duas Varas Federais no mesmo dia, em 5 de maio de 1999. Resultantes da Lei nº 9.664/1998, a 1ª e a 2ª Varas Federais foram implantadas pela Resolução TRF4 nº 23/1998 e instaladas pela Resolução TRF4 nº 16/1999.
A primeira Sede, cedida pela Prefeitura Municipal, localizou-se na Rua Rodrigues Alves, 800. A Presidente do Tribunal Regional Federal da 4ª Região, que conduziu a solenidade de instalação, era a Desembargadora Federal Ellen Gracie Northfleet. O Diretor do Foro da JFPR era o Juiz Federal Joel Ilan Paciornik, e o Diretor da Secretaria Administrativa era o servidor José Luiz Balliana.
Os dois primeiros magistrados designados para as Varas foram o Juiz Federal Nivaldo Brunoni (1ª Vara Federal) e o Juiz Federal José Sabino da Silveira (2ª Vara).
Em 2001, a Subseção recebe seu Juizado Especial Federal Criminal Adjunto, que funcionaria junto à Vara Única, conforme previsto pela Resolução TRF4 nº 56/2001.
Em 04/01/2002, a 2ª Vara Federal da Subseção é transferida para Curitiba, que a receberia sob a forma de Vara de Juizado Especial Federal Cível, de acordo com determinação da Resolução TRF4 nº 5/2002.
Em 17/10/2002, o Juizado Especial Federal Cível Adjunto seria instalado pela Resolução TRF4 nº 68/2002.
Em 12/07/2004, por força da Resolução TRF4 nº 52/2004, a Unidade passa a atender todos os feitos do Juizado Especial Federal, passando a denominar-se Vara Federal e Juizado Especial Federal da Subseção Judiciária de Paranaguá.
A primeira mudança de Sede ocorre, em 27/07/2004, passando a Subseção a atender na Rua Rua Comendador Correia Junior, 662, até janeiro de 2014.
Em 27/01/2014, a Subseção muda novamente de Sede, desta vez para a Rua Faria Sobrinho, nº 100, Centro. E, em março de 2021, A Vara Federal passa a ocupar imóvel na Rua Nestor Victor, 559, Bairro João Gualberto.
Os Juízes Federais que atuam ou já atuaram pela Subseção Judiciária de Paranaguá são:
Adriano Enivaldo de Oliveira Alessandro Rafael Bertollo de Alexandre Alexandre Moreira Gauté Ana Beatriz Vieira da Luz Palumbo Carlos Felipe Komorowski Edilson Vitorelli Diniz Lima Eduardo Correia da Silva Gabriela Hardt Giovanna Mayer Guilherme Roman Borges José Sabino da Silveira Marcos Francisco Canali Marcos Josegrei da Silva Nair Cristina Corado Pimenta de Castro Nivaldo Brunoni Pepita Durski Tramontini Sandro Nunes Vieira Stephanie Uille Gomes de Godoy Tani Maria Wurster
Os servidores pioneiros da Subseção Judiciária de Paranaguá, em seus dois primeiros anos de funcionamento, foram:
Ana Paula Machado Lowen André Luis Goncalves Silva Blanca Guilhermina Rojas Cely Say de Carvalho Cintia Cristina Ferreira do Espírito Santo Ederson Alvaro Barbosa Edson Aoki Elaine Souza da Rosa Eliane Nisihara Peixoto Elizabeth Rodrigues Simão Ewaldo Mass Fabiana Rodrigues Silveira Francois Dobignies Júnior Geraldo Rosa de Campos Gerson de Souza Hartmann Júnior Gilson Micoski Luz Irina Agrimone Siewerdt Jaime Hofliger Janaina Rosalinda Spadini Santos Benavides Poblete Julia Helena Barcellos Franco Julio Ary Berbert Júnior Lindomar Silveira Brito Lorival Monteiro dos Santos Luis Carlos Muhlmann Luis Diego de Carcova Gutierrez Luiz Carlos de Lima Maikel Valente Maria Helena Lievore Simas Maria Myrian Schnekenberg Daemon Barbosa Mario Cezar Bertho Mariza Trancoso Mirna Aparecida Pangracio Nancy Hirata Paulo Berlanda Paulo Cesar Carriel Raquel Scandiuzzi Rene Valente Rodney Cordeiro e Silva Salmo Vasconcelos de Oliveira Solange Teixeira