A 1ª Vara Federal de Guaíra foi instalada em 25 de agosto de 2010, em consequência da Lei nº 12.011/2009, tendo sido implantada e instalada pela Resolução TRF4 nº 43/2010. Foi a primeira das cinco varas de fronteira a ser instalada, conforme definição da Resolução CJF nº 102/2010, já que o município de Guaíra, localizado no extremo Oeste do Paraná, faz fronteira com o Paraguai e o Estado do Mato Grosso do Sul.

A Vara Federal foi instalada já com Juizado Especial Federal Adjunto e foi a primeira da Justiça Federal brasileira a nascer totalmente eletrônica, pois todas as novas ações foram protocoladas utilizando o processo eletrônico da 4ª Região, o E-proc.

A Subseção foi inaugurada em prédio na Rua Bandeirantes, 1.578, local que ocupa até hoje. A solenidade de instalação foi conduzida pelo Ministro César Asfor Rocha, então Presidente do Superior Tribunal de Justiça e do Conselho da Justiça Federal. O Desembargador Federal Vilson Darós era o Presidente do Tribunal Regional Federal da 4ª Região, e o Juiz Federal Danilo Pereira Jr. era o Diretor do Foro da JFPR. A servidora Celine Salles Migdalski era a Diretora da Secretaria Administrativa. À inauguração também compareceu o Juiz Justo Pastor Benítez, Presidente da Circunscripción Judicial Canindeyú, do Paraguai.

O primeiro magistrado designado para a Subseção foi o Juiz Federal Edilberto Barbosa Clementino.

Em 17/05/2017 a Subseção reinaugurou suas instalações após obras de reforma para ampliação e acessibilidade.

Os Juízes Federais que atuam ou já atuaram na Subseção Judiciária de Guaíra são:

Ana Lidia Silva Mello Monteiro
Ana Lúcia Andrade de Aguiar
Claudio Marcelo Schiessl
Daniel Antoniazzi Freitag
Daniel Luis Spegiorin
Edilberto Barbosa Clementino
Eduardo Correia da Silva
Fabricio Bittencourt da Cruz
Fernando Dias de Andrade
Gustavo Chies Cignachi
Marcelo Roberto de Oliveira
Marcio Jonas Engelmann
Mariana Camargo Contessa
Rafael Martins Costa Moreira
Raquel Kunzler Batista
Sandro Nunes Vieira
Socrates Hopka Herrerias
Timóteo Rafael Piangers
Valter Sarro de Lima

O servidores designados durante os dois primeiros anos de funcionamento da Vara Federal foram:

Ana Cláudia Migliorini
Andréa Paula Detrigiachi da Rocha
Dino Leonardo Genaro Gouveia
Emerson Gomes da Silva
Fernando Pazeto Puks
Isabella Felix Cardoso
Jose Omar Abido
Lucas Yugo Watanabe
Marcos Vinicius Dias
Patricia Galvão Rodrigues
Polyane Gimenes Pires
Ruy Iwao Yoshihara
Salvador Silva Lemes
Thais de Freitas Cavalari
Thiago Costa Del Vechio
Thiago Macedo de Moura
Thiago Silva Artiolle
Tiago Ogasawara
Zoenir Floriano da Silva