O Município de Apucarana recebeu sua primeira Unidade da Justiça Federal em 5 de setembro de 2003, sob a forma de um Juizado Especial Federal Itinerante, sediado na Subseção Judiciária de Londrina, porém deslocado a Apucarana pela Resolução TRF4 nº 32/2003. O Juizado Itinerante funcionou junto à Faculdade do Norte Novo de Apucarana – FACNOPAR, à Rua Renê Camargo de Azambuja, 440. A solenidade de instalação foi conduzida pelo Desembargador Federal Tadaaqui Hirose, Coordenador dos JEFs da 4ª Região, que representava a Presidência da Corte. Também compareceram o Juiz Federal Rodrigo Kravetz, titular da então Vara Única de JEF de Curitiba, representando a Direção do Foro da JFPR, e o Juiz Federal Décio José da Silva, Diretor do Foro da Subseção Judiciária de Londrina, responsável pela Unidade itinerante.
A implantação e instalação definitivas, em Sede própria, ocorreram em consequência da Lei nº 10.772/2003 e por meio da Resolução TRF4 nº 65/2005, que já previa o funcionamento, junto à Vara, de um Juizado Especial Federal Adjunto.
A inauguração da Subseção Judiciária aconteceu no dia 13/06/2005, em Sede locada na Rua Guarapuava, 422, Centro de Apucarana. À solenidade compareceram o Desembargador Federal Vladimir Passos de Freitas, Presidente do TRF4, o Juiz Federal Nicolau Konkel Jr., Diretor do Foro da JFPR e o Juiz Federal Robson Carlos de Oliveira, primeiro magistrado designado para a Vara Federal e para a Direção do Foro local. O Diretor da Secretaria Administrativa era o servidor Eugênio Muzeka.
Os Juízes Federais que já atuaram ou atuam na Subseção são os seguintes:
- Adeilson Luz de Oliveira
- Alexei Alves Ribeiro
Bruno Henrique Silva Santos
Gabriele Sant’anna Oliveira Brum
Geórgia Zimmermann Sperb
Gustavo Brum
Luciana Mayumi Sakuma
Marcel Da Silva Augusto Corrêa
Roberto Lima Santos
Robson Carlos de Oliveira
Stella Stefano Malvezzi
Os servidores pioneiros, designados para a 1ª Vara Federal de Apucarana em seus dois primeiros anos de funcionamento, foram:
Ademir Timoteo da Silva
Andre Ricardo Severino Teixeira
Cecília Fumie Hayashi Watanabe
Claudia Regina de Araújo
Cleusa Maria Grando Mocelin
Estelina Celia da Cruz
James Henrique Bertolo
Karina Carla Lopes Garcia
Leonardo Mariano Duarte
Marcelo Freitas Miranda dos Santos
Marcos de Freitas Dirami Cevada
Maria Foresti
Marta Soares Rodrigues De Macedo
Paulo Eduardo Dainez
Paulo Roberto da Fonseca
Paulo Sergio Sanches
Rosangela Cunha Politano
Rossana Scattolin
Suerda de Souza Azevedo
Suzie Caproni Ferreira Fortes
Tahiane Machado de Oliveira Costa Lima
Em 2007 a Subseção mudou sua Sede para a Rua Miguel Simião, 350, Centro de Apucarana, em prédio anteriormente ocupado pelo Fórum Estadual e cedido pela Prefeitura do Município.
A Subseção também é responsável pela Unidade Avançada de Atendimento (UAA) localizada em Ivaiporã. A UAA foi implantada pela Resolução TRF4 nº 112/2016. Seu funcionamento oficial ocorreu em 07/12/2016.