Paranaguá, Município do litoral paranaense, distante 90 km da Capital, recebeu duas Varas Federais no mesmo dia, em 5 de maio de 1999. Resultantes da Lei nº 9.664/1998, a 1ª e a 2ª Varas Federais foram implantadas pela Resolução TRF4 nº 23/1998 e instaladas pela Resolução TRF4 nº 16/1999.

A primeira Sede, cedida pela Prefeitura Municipal, localizou-se na Rua Rodrigues Alves, 800. A Presidente do Tribunal Regional Federal da 4ª Região, que conduziu a solenidade de instalação, era a Desembargadora Federal Ellen Gracie Northfleet. O Diretor do Foro da JFPR era o Juiz Federal Joel Ilan Paciornik, e o Diretor da Secretaria Administrativa era o servidor José Luiz Balliana.

Os dois primeiros magistrados designados para as Varas foram o Juiz Federal Nivaldo Brunoni (1ª Vara Federal) e o Juiz Federal José Sabino da Silveira (2ª Vara).

Em 2001, a Subseção recebe seu Juizado Especial Federal Criminal Adjunto, que funcionaria junto à Vara Única, conforme previsto pela Resolução TRF4 nº 56/2001.

Em 04/01/2002, a 2ª Vara Federal da Subseção é transferida para Curitiba, que a receberia sob a forma de Vara de Juizado Especial Federal Cível, de acordo com determinação da Resolução TRF4 nº 5/2002.

Em 17/10/2002, o Juizado Especial Federal Cível Adjunto seria instalado pela Resolução TRF4 nº 68/2002.

Em 12/07/2004, por força da Resolução TRF4 nº 52/2004, a Unidade passa a atender todos os feitos do Juizado Especial Federal, passando a denominar-se Vara Federal e Juizado Especial Federal da Subseção Judiciária de Paranaguá.

A primeira mudança de Sede ocorre, em 27/07/2004, passando a Subseção a atender na Rua Rua Comendador Correia Junior, 662, até janeiro de 2014.

Em 27/01/2014, a Subseção muda novamente de Sede, desta vez para a Rua Faria Sobrinho, nº 100, Centro. E, em março de 2021, A Vara Federal passa a ocupar imóvel na Rua Nestor Victor, 559, Bairro João Gualberto.

Os Juízes Federais que atuam ou já atuaram pela Subseção Judiciária de Paranaguá são:

Adriano Enivaldo de Oliveira
Alessandro Rafael Bertollo de Alexandre
Alexandre Moreira Gauté
Ana Beatriz Vieira da Luz Palumbo
Carlos Felipe Komorowski
Edilson Vitorelli Diniz Lima
Eduardo Correia da Silva
Gabriela Hardt
Giovanna Mayer
Guilherme Roman Borges
José Sabino da Silveira
Marcos Francisco Canali
Marcos Josegrei da Silva
Nair Cristina Corado Pimenta de Castro
Nivaldo Brunoni
Pepita Durski Tramontini
Sandro Nunes Vieira 
Stephanie Uille Gomes de Godoy
Tani Maria Wurster

Os servidores pioneiros da Subseção Judiciária de Paranaguá, em seus dois primeiros anos de funcionamento, foram:

Ana Paula Machado LowenAndré Luis Goncalves SilvaBlanca Guilhermina RojasCely Say de CarvalhoCintia Cristina Ferreira do Espírito SantoEderson Alvaro BarbosaEdson Aoki – Elaine Souza da RosaEliane Nisihara PeixotoElizabeth Rodrigues SimãoEwaldo MassFabiana Rodrigues SilveiraFrancois Dobignies JúniorGeraldo Rosa de CamposGerson de Souza Hartmann JúniorGilson Micoski LuzIrina Agrimone SiewerdtJaime HofligerJanaina Rosalinda Spadini Santos Benavides PobleteJulia Helena Barcellos FrancoJulio Ary Berbert JúniorLindomar Silveira BritoLorival Monteiro dos SantosLuis Carlos Muhlmann – Luis Diego de Carcova GutierrezLuiz Carlos de LimaMaikel ValenteMaria Helena Lievore SimasMaria Myrian Schnekenberg Daemon BarbosaMario Cezar BerthoMariza Trancoso – Mirna Aparecida Pangracio – Nancy HirataPaulo BerlandaPaulo Cesar Carriel –  Raquel ScandiuzziRene ValenteRodney Cordeiro e SilvaSalmo Vasconcelos de Oliveira  – Solange Teixeira

Toda a história da Subseção Judiciária de Paranaguá, com fotos e links, pode ser conferida aqui:

Momento Memória – a Justiça Federal chega à mais antiga cidade do Paraná: Paranaguá!

Atas de Instalação

05.05.1999 – Ata De Instalação Da Primeira e Segunda Varas Federais De Paranaguá
17.10.2002 – Ata De Instalação do Juizado Especial Federal Cível Adjunto de Paranaguá
28.05.2004 – Ata Instalação do Eproc em Paranaguá