Paranaguá, Município do litoral paranaense, distante 90 km da Capital, recebeu duas Varas Federais no mesmo dia, em 5 de maio de 1999. Resultantes da Lei nº 9.664/1998, a 1ª e a 2ª Varas Federais foram implantadas pela Resolução TRF4 nº 23/1998 e instaladas pela Resolução TRF4 nº 16/1999.

A primeira Sede, cedida pela Prefeitura Municipal, localizou-se na Rua Rodrigues Alves, 800. A Presidente do Tribunal Regional Federal da 4ª Região, que conduziu a solenidade de instalação, era a Desembargadora Federal Ellen Gracie Northfleet. O Diretor do Foro da JFPR era o Juiz Federal Joel Ilan Paciornik, e o Diretor da Secretaria Administrativa era o servidor José Luiz Balliana.

Os dois primeiros magistrados designados para as Varas foram o Juiz Federal Nivaldo Brunoni (1ª Vara Federal) e o Juiz Federal José Sabino da Silveira (2ª Vara).

Em 2001, a Subseção recebe seu Juizado Especial Federal Criminal Adjunto, que funcionaria junto à Vara Única, conforme previsto pela Resolução TRF4 nº 56/2001.

Em 04/01/2002, a 2ª Vara Federal da Subseção é transferida para Curitiba, que a receberia sob a forma de Vara de Juizado Especial Federal Cível, de acordo com determinação da Resolução TRF4 nº 5/2002.

Em 17/10/2002, o Juizado Especial Federal Cível Adjunto seria instalado pela Resolução TRF4 nº 68/2002.

Em 12/07/2004, por força da Resolução TRF4 nº 52/2004, a Unidade passa a atender todos os feitos do Juizado Especial Federal, passando a denominar-se Vara Federal e Juizado Especial Federal da Subseção Judiciária de Paranaguá.

A primeira mudança de Sede ocorre, em 27/07/2004, passando a Subseção a atender na Rua Rua Comendador Correia Junior, 662, até janeiro de 2014.

Em 27/01/2014, a Subseção muda novamente de Sede, desta vez para a Rua Faria Sobrinho, nº 100, Centro. E, em março de 2021, A Vara Federal passa a ocupar imóvel na Rua Nestor Victor, 559, Bairro João Gualberto.

Os Juízes Federais que atuam ou já atuaram pela Subseção Judiciária de Paranaguá são:

Adriano Enivaldo de Oliveira
Alessandro Rafael Bertollo de Alexandre
Alexandre Moreira Gauté
Ana Beatriz Vieira da Luz Palumbo
Carlos Felipe Komorowski
Edilson Vitorelli Diniz Lima
Eduardo Correia da Silva
Gabriela Hardt
Giovanna Mayer
Guilherme Roman Borges
José Sabino da Silveira
Marcos Francisco Canali
Marcos Josegrei da Silva
Nair Cristina Corado Pimenta de Castro
Nivaldo Brunoni
Pepita Durski Tramontini
Sandro Nunes Vieira 
Stephanie Uille Gomes de Godoy
Tani Maria Wurster

Os servidores pioneiros da Subseção Judiciária de Paranaguá, em seus dois primeiros anos de funcionamento, foram:

Ana Paula Machado Lowen
André Luis Goncalves Silva
Blanca Guilhermina Rojas
Cely Say de Carvalho
Cintia Cristina Ferreira do Espírito Santo
Ederson Alvaro Barbosa
Edson Aoki
Elaine Souza da Rosa
Eliane Nisihara Peixoto
Elizabeth Rodrigues Simão
Ewaldo Mass
Fabiana Rodrigues Silveira
Francois Dobignies Júnior
Geraldo Rosa de Campos
Gerson de Souza Hartmann Júnior
Gilson Micoski Luz
Irina Agrimone Siewerdt
Jaime Hofliger
Janaina Rosalinda Spadini Santos Benavides Poblete
Julia Helena Barcellos Franco
Julio Ary Berbert Júnior
Lindomar Silveira Brito
Lorival Monteiro dos Santos
Luis Carlos Muhlmann
Luis Diego de Carcova Gutierrez
Luiz Carlos de Lima
Maikel Valente
Maria Helena Lievore Simas
Maria Myrian Schnekenberg Daemon Barbosa
Mario Cezar Bertho
Mariza Trancoso
Mirna Aparecida Pangracio
Nancy Hirata
Paulo Berlanda
Paulo Cesar Carriel
Raquel Scandiuzzi
Rene Valente
Rodney Cordeiro e Silva
Salmo Vasconcelos de Oliveira
Solange Teixeira

Atas de Instalação

05.05.1999 – Ata De Instalação Da Primeira e Segunda Varas Federais De Paranaguá
17.10.2002 – Ata De Instalação do Juizado Especial Federal Cível Adjunto de Paranaguá
28.05.2004 – Ata Instalação do Eproc em Paranaguá